Nhận thấy Henry ngưỡng mộ mình, đầu năm 1539 nhà cải cách người Đức Philipp Melanchthon viết thư cho Henry phê phán nhà vua về quan điểm bắt buộc các chức sắc sống độc thân. Cuối tháng 4, Melanchthon khuyến khích các vương hầu Đức đến thăm nước Anh. Cromwell viết thư cho Henry ủng hộ chuyến viếng thăm, nhưng nhà vua đã thay đổi lập trường, khởi sự tìm kiếm sự ủng hộ của những người bảo thủ ở Anh hơn là liên kết với những người Lutheran. Ngày 28 tháng 4, Quốc hội họp phiên đầu tiên trong ba năm. Cranmer đến dự họp nhưng Cromwell vắng mặt vì lý do sức khỏe. Ngày 5 tháng 5, Viện Quý tộc thành lập ủy ban xem xét các vấn đề thần học với sự cân đối giữa hai thành phần bảo thủ và cải cách. Do các thành viên ủy ban không thể đồng ý với nhau về bất cứ điều gì, ngày 16 tháng 6, Công tước Norfolk trình sáu vấn đề thần học trước Viện Quý tộc – dần dà giúp hình thành nền tảng cho bản Sáu Tín điều. Những nhà quý tộc ủng hộ các quan điểm thần học bảo thủ như bánh và rượu trong bí tích thánh thể thực sự trở thành thân và huyết Chúa, bắt buộc các giáo sĩ sống độc thân, và sự xưng tội với linh mục.[40] Khi Đạo luật Sáu Tín điều sắp được Quốc hội thông qua, Cranmer đưa vợ và các con ra khỏi nước Anh để đến một nơi an toàn. Trước đó họ đã được bí mật đem đến một địa điểm ở Kent, có lẽ là Lâu đài Ford. Cuối tháng 6, Quốc hội thông qua đạo luật, đồng thời buộc Latimer và Nicholas Shaxton từ nhiệm vì hai Giám mục này công khai chống đối đạo luật.[41]

Dù vậy, xu thế đảo ngược tiến trình cải cách khá là đoản mệnh. Đến tháng 9, Henry tỏ ra không hài lòng với kết quả của Đạo luật và với những người ủng hộ nó. Hai cận thần trung thành với nhà vua, Cranmer và Cromwell, được phục hồi. Nhà vua yêu cầu tổng Giám mục viết phần dẫn nhập cho bản dịch Kinh Thánh Great Bible xuất bản năm 1539 dưới sự hướng dẫn của Cromwell. Về phần mình, Cromwell mừng vì được nhà vua chấp thuận kế hoạch của ông để kết hôn với Anne xứ Cleves, em gái của một vương hầu người Đức. Theo Cromwell, cuộc hôn nhân này sẽ giúp tái lập sự liên kết với Liên minh Schmalkaldic. Tuy nhiên, ngay trong lần gặp gỡ đầu tiên ngày 1 tháng 1 năm 1540, Henry thất vọng về Anne. Trong hôn lễ do Cranmer cử hành ngày 6 tháng 1, Henry chỉ là một chú rể bất đắc dĩ. Những diễn biến tiếp theo là một thảm họa khi Henry mau chóng yêu cầu ly hôn. Cromwell là người hứng chịu hậu quả, ngày 10 tháng 6 ông bị bắt giữ. Ngay lập tức, mọi người quay lưng lại với ông. Như đã từng hành xử trong trường hợp của Anne Boleyn, Cranmer gởi thư cho nhà vua bảo vệ những gì Cromwell đã làm. Ngày 9 tháng 7, cuộc hôn nhân giữa Henry và Anne bị hủy bỏ theo quyết nghị của hội đồng giáo hội dưới sự hướng dẫn của Cranmer và Gardiner.[42]

Ngày 28 tháng 7, Cromwell bị xử tử.[43] Nay Cranmer thấy mình ở vào vị trí đơn độc trên chính trường.[44] Trong những năm còn lại dưới triều Henry, Cranmer phụ thuộc vào quyền uy của nhà vua. Henry hoàn toàn tin tưởng Cranmer.[45] Cuối tháng 6 năm 1541, Henry cùng vợ mới cưới, Catherine Howard, rời Luân Đôn cho chuyến viếng thăm lần đầu tiên đến phía bắc nước Anh. Cranmer cùng các đồng sự trong hội đồng, quan chưởng ấn Thomas Audley và Bá tước Herford Edward Seymour chấp chính khi nhà vua vắng mặt. Đây là nhiệm vụ chính trị đầu tiên Cranmer thực thi ngoài những chức trách trong giáo hội. Trong tháng 9, trong khi nhà vua và hoàng hậu đang ở xa, John Lascelles báo cho Cranmer biết Catherine có quan hệ bất chính. Cranmer bàn với Audley và Seymour, họ quyết định chờ đến khi Henry trở về. Vì e sợ cơn thịnh nộ của nhà vua, Audley và Seymour đề nghị Cranmer sẽ là người báo tin. Cranmer chuyền cho Henry một lời nhắn trong khi đang dự lễ misa vào ngày lễ các thánh. Một cuộc điều tra cho thấy lời cáo buộc là sự thật, Catherine bị hành hình trong tháng 2 năm 1542.[46]